Results for cluster 3462

Region 74119923 to 74120043 (fwd)

###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: forward
 Mean pairwise identity:  74.75
 Mean single sequence MFE: -49.76
 Consensus MFE: -32.73
 Energy contribution: -29.97
 Covariance contribution:  -2.76
 Mean z-score:  -2.00
 Structure conservation index:   0.66
 SVM decision value:   1.68
 SVM RNA-class probability: 0.971964
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr14_fwd/74119923-74120043
GGCCCCAGGGCACAGAGAGACUAGGCUGGCCUGGAGGCUGCAGCUCAUUAAGAACAUCACAGUAGCCCCUGGCCAGGGAGCCUGUGAAAGUCAAAGAGGACAGCCCUGCUGUGGGCCAGA
(((((((((((.((.((.(.((...((((((.((.((((((....................)))))))).))))))..))))).))...(((......))).))))))....)))))... ( -54.05)
>panTro1.chr15_fwd/74120881-74121001
GGCCCCAGGGCACAGAGAGACUAGGCUGGCCUGGAGGCUGCAGCUCAUUAAGAACAUCACAGUAGCCCCUGGCCAGGGAGCCUGUGAAAGUCAAAGAGGACAGCCCUGCUGUGGGCCAGA
(((((((((((.((.((.(.((...((((((.((.((((((....................)))))))).))))))..))))).))...(((......))).))))))....)))))... ( -54.05)
>mm5.chr12_fwd/80172738-80172858
GGCCUCGGGGCAGAAUGUGAUGGGACCAGCCUAGACACUGCAGUGCGCUAAGGACAUCACAGUAGCCUCUGGCCUGAGAGCCUAUGAGAACCGGGGAGGAUGACUCCACUCUGGGCUGAA
(((((((((.((((.(((((((...(((((...(.(((....)))))))..)).)))))))......)))).)))))).)))........((((((.(((....))).))))))...... ( -47.30)
>rn3.chr6_fwd/108904248-108904365
GGCCUCAGGCAGAACGUGAUGGGACCAGCCUAGACACUGCAGUGCAUUAAGGACAUCACAGUAGCGUCUGGCCCGAGAGGCCGUGAGAGUCGGGAGGAUGGCCCUACUGUGGGCUGA
((((((((((.....))...(((.((((((.((((.((((.(((.((.......))))).)))).)))))))((....((((....).)))....)).))))))..))).))))).. ( -41.50)
>canFam1.chr8_fwd/50645742-50645861
GGUCCCAGGGCAAAGACAGACGGGGUGGCUCGGAGGCGGCAGCACGUUCACAACAUCACAGUAGCCCCUGGCCAGGGAGCCUGUGAAGCUGGAAGAGGAUGUCUCUGCUGUGGGCCACU
((.((((.((((.(((((..((..((((..((...((....)).)).))))..).((((((..((((((....)))).))))))))..........)..))))).)))).))))))... ( -51.90)
>consensus
GGCCCCAGGGCACAGAGAGACGGGGCUGGCCUGGAGGCUGCAGCGCAUUAAGAACAUCACAGUAGCCCCUGGCCAGGGAGCCUGUGAAAGUCAAAGAGGAUGGCCCUGCUGUGGGCCAAA
.(((....)))...............((((((.......(((((.......((...((((((..(((((......))).))))))))...))..((.((....))))))))))))))).. (-32.73 = -29.97 +  -2.76) 
//

Region 74119923 to 74120043 (rev)

###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: forward
 Mean pairwise identity:  74.75
 Mean single sequence MFE: -44.64
 Consensus MFE: -27.42
 Energy contribution: -25.38
 Covariance contribution:  -2.04
 Mean z-score:  -1.58
 Structure conservation index:   0.61
 SVM decision value:   0.24
 SVM RNA-class probability: 0.650092
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr14_rev/74119923-74120043
UCUGGCCCACAGCAGGGCUGUCCUCUUUGACUUUCACAGGCUCCCUGGCCAGGGGCUACUGUGAUGUUCUUAAUGAGCUGCAGCCUCCAGGCCAGCCUAGUCUCUCUGUGCCCUGGGGCC
...(((((....((((((.(((......)))......(((((..((((((.((((...((((...((((.....)))).)))).)))).))))))...)))))......))))))))))) ( -50.00)
>panTro1.chr15_rev/74120881-74121001
UCUGGCCCACAGCAGGGCUGUCCUCUUUGACUUUCACAGGCUCCCUGGCCAGGGGCUACUGUGAUGUUCUUAAUGAGCUGCAGCCUCCAGGCCAGCCUAGUCUCUCUGUGCCCUGGGGCC
...(((((....((((((.(((......)))......(((((..((((((.((((...((((...((((.....)))).)))).)))).))))))...)))))......))))))))))) ( -50.00)
>mm5.chr12_rev/80172738-80172858
UUCAGCCCAGAGUGGAGUCAUCCUCCCCGGUUCUCAUAGGCUCUCAGGCCAGAGGCUACUGUGAUGUCCUUAGCGCACUGCAGUGUCUAGGCUGGUCCCAUCACAUUCUGCCCCGAGGCC
...((((..(((.((((.....))))......)))...))))....((((.(.(((...(((((((...(((((((((....))))....)))))...)))))))....))).)..)))) ( -38.10)
>rn3.chr6_rev/108904248-108904365
UCAGCCCACAGUAGGGCCAUCCUCCCGACUCUCACGGCCUCUCGGGCCAGACGCUACUGUGAUGUCCUUAAUGCACUGCAGUGUCUAGGCUGGUCCCAUCACGUUCUGCCUGAGGCC
...(((.......((((((.(((............((((.....))))(((((((.(.(((((.......)).))).).)))))))))).))))))..(((.(.....).)))))). ( -37.30)
>canFam1.chr8_rev/50645742-50645861
AGUGGCCCACAGCAGAGACAUCCUCUUCCAGCUUCACAGGCUCCCUGGCCAGGGGCUACUGUGAUGUUGUGAACGUGCUGCCGCCUCCGAGCCACCCCGUCUGUCUUUGCCCUGGGACC
...((((((..(((((((((..(..(((((((.((((((((.((((....))))))..)))))).)))).))).(((..((((....)).)))))...)..)))))))))..)))).)) ( -47.80)
>consensus
UCUGGCCCACAGCAGGGCCAUCCUCUUCGACUUUCACAGGCUCCCUGGCCAGGGGCUACUGUGAUGUUCUUAAUGAGCUGCAGCCUCCAGGCCAGCCCCGUCUCUCUCUGCCCUGGGGCC
.((((((..((((((((.....))))..((...((((((..((((......))))...))))))...)).......)))).........))))))..............(((....))). (-27.42 = -25.38 +  -2.04) 
//